針對台南區重要作物，配合育種計畫進行主要病蟲害抗性檢定，協助育成抗病蟲品種。研究生物防治及非農藥防治法。利用茄子抗病根砧嫁接番茄，防治番茄青枯病、萎凋病及根瘤線蟲。利用各色黏紙、性費洛蒙、昆蟲生長調節劑及天敵防治蟲害。利用GPS衛星定位建立楠西地區為楊桃細菌性斑點病非疫區。進行香草植物病蟲害防治研究。發展轄區內主要作物病蟲害綜合防治及輔導農民經濟安全用藥，生產符合「吉園圃」標章認證之蔬果。建立及推廣無嵌紋病毒綠竹種苗之繁殖及驗證制度。對主要病蟲害進行定期監測且發佈警報，監測新病蟲害之入侵，成立作物病蟲害診斷及諮詢服務站，提供蘭花病毒病檢定，服務農友及消費大眾。