依據99 年「肥料登記證申請及核發辦法」相關條文修訂，有關製造及輸入業者申請微生物肥料登記證時，應檢附微生物肥料作物毒害、生物毒性及環境生態試驗報告等規定，目前有通過的微生物肥料檢定合格的品項有15個，農民若有購買需求，本場可提供洽詢電話。

微生物肥料是一種對作物生產有直接或間接的幫助，可增加植物營養要素的供應、提高土壤中養分有效性之利用或增進根系生長與養分的吸收等，目前已推廣應用的微生物肥料像固氮菌、菌根菌等菌種稱之，與一般的有機質肥料不同。

不同的豆科作物，像是紅豆、大豆及落花生都有其特殊的根瘤菌，如果農友有意嘗試使用根瘤菌，會後可提供相關資料作為參考。目前很多的微生物肥料，像是固氮菌及溶磷菌肥料等也都經常被使用來加強營養之有效性或增加土壤中營養份，補充土壤中有益微生物數量 ，使土壤維持在良好生態環境下發揮功能，以達友善環境，並提高農產品品質，農友們也可多加使用，以減少化學肥料的施用量。